Keď sa kapitán Colter Stevens (Gyllenhaal) prebudí v sedadle prímestského vlaku, netuší, kde sa tam vzal. Oproti nemu sedí Christina (Michelle Monaghan). Colter ju vidí prvý krát v živote, ale Christina ho očividne veľmi dobre pozná. Colter zisťuje, že sa prebudil v tele iného človeka. Než sa stihne z tejto situácie spamätať, je vlak rozmetaný silným výbuchom.Vzápätí sa Colter objaví vo zvláštnom bunkri izolovanom od okolitého sveta. Cez obrazovku sa k nemu prihovára dôstojníčka Goodwin (Vera Farminga) a požaduje informácie o všetkom, čo práve videl. Kapitán Colter Stevens sa stal súčasťou náročnej misie, ktorej cieľom je odhalenie útočníka, ktorý má na svedomí výbuch vlaku, v ktorom sa Colter ešte pred chvíľou nachádzal. Atentátnik plánuje oveľa väčší výbuch priamo v srdci Chicaga a jeho odhalením tak môže Colter zachrániť tisíce životov.Táto vládna misia je založená na experimente s názvom Zdrojový kód, ktorý Colterovi umožňuje na chvíľu existovať v paralelnej realite - v tele Seana, v chicagskom prímestskom vlaku. Seanovu identitu môže využívať iba osem minút, má teda presne osem minút na odhalenie bombového útočníka. Zdrojový kód môže Cartera poslať do rovnaného časového úseku niekoľko krát. Získava tak viac času, ale situácia sa mu môže ľahko vymknúť z rúk…