Snímok sa dejovo vracia ešte pred X-Men Origins: Wolverine z roku 2009. Tentoraz príbeh sleduje Charlesa Xaviera a Erika Lensherra predtým, ako prijali mená Profesor X a Magneto. V tej dobe boli obaja veľmi blízkymi priateľmi pracujúci na spoločnom projekte - zabrániť spolu s ďalšími mutantmi najhoršej hrozbe, akú kedy ľudstvo poznalo.